Sekretariatet innehar det rapporterande, informerande och samordnande ansvaret mellan GO-rådet, kontaktgruppen och de fem arbetsgrupperna samt ansvarar för externa kontakter.

Sekretariatet ansvarar för att den löpande verksamheten inom Göteborg-Oslo-regionens samarbete och skall verka för att GO-rådets beslut verkställs.

Även de administrativa rutinerna liksom budgetprocessen handhas av sekretariatet.